唐，今惠水县境为黔中道庄州下属清兰县辖地。
五代后晋高祖天福五年（公元940年）楚设置南宁州，治所在今惠水县城十五里卧龙。
宋朝，南宁州为羁縻州，属夔州路绍庆府。
元至元十六年（公元1279年）置八个安抚司，简称“八番”，并设管番民总管府于方番河中府之内。
明洪武八年，今惠水和长顺的睦化、代化一带分布着贵州卫下属的程番、上马桥、小程番、卢番、韦番、方番、洪番、卧龙番、小龙番、罗番、金石番、卢山、木瓜、麻响、大华十六个长官司。成化十年（公元1474年）置程番府于程番司处，府治在今惠水县城内，实行土流并治。隆庆二年（1568年）程番府治迁贵阳，次年改称贵阳府。万历十四年（公元1586年）置定番州，州治仍在今县城内。
清乾隆三年（公元1738年）在大塘设定番分州——大塘理苗州。
民国三年（公元19）一月，定番州改称定番县，大塘州改大塘县，均属黔中道。民国二十年（公元1931年）定番县称定番自治县，民国二十三年至二十六年（公元1934年至1937年）改称定番自治实验县，民国三十年（公元1941年）十一月一日定番州改称惠水县。
1949年11月24日惠水解放。25日，成立县人民政府，惠水县隶属贵阳专署。1952年10月4日成立惠水彝族苗族自治区人民政府，12月隶属贵定专属。1954年3月19日改称为惠水县布依族苗族自治区，1955年5月11日惠水县布依族苗族自治区改称为惠水布依族苗族自治县。1956年5月，隶属安顺专属；8月，隶属黔南布依族苗族自治州，12月，惠水布依族苗族自治县改称惠水县。1958年10月，县改属贵阳市，1963年9月，复隶黔南布依族苗族自治州至今。
惠水东接平塘县，西连长顺县，南邻罗甸县，北与贵阳市、龙里县、贵定县交界。东西最大距离72公里，南北最大距离68公里，总面积2470平方公里。自建县始,政区属辖多变，境域几经分合。
明代，惠水境域含今长顺的睦化、代化和平塘的克度、西关、通州。
清代，乾隆十五年（公元1750年）罗斛州（今罗甸）划归定番州，惠水境域增加。光绪六年（公元1880年）罗斛州划出。
民国三年（公元19），属地大塘州（今平塘）判改为大塘县，惠水境域缩减。民国三十一年（公元1942年）辖地掌布乡划属平塘县，睦化乡划属长顺县。同时平塘县的洛平、甲坝等六个保，长顺县的双井、翁吟两个保，贵筑县的长田、上马堡划属惠水县。
中华人民共和国成立后，县境界域调整情况为：1950年12月，平塘县4个乡划入；1951年3月，4乡划回平塘。1956年10月，贵筑县的高坡和龙里县的羊场共11个乡划入惠水。1961年7月，辖地羊场划归龙里县；10月，辖地高坡划归贵阳市花溪区。至今，惠水县境基本未变。
1978年，惠水县辖姚哨区、三都区、摆金区、雅水区、断杉区、王佑区、城关镇，49个公社。
1983年4月至1984年，政社分设，建立乡人民政府，生产大队改称行政村，生产队改称村民小组。
1984年5月摆榜公社划分为上摆榜乡和下摆榜乡，8月城关镇复称和平镇，三合乡更名为金石乡，拉林乡更名董朗乡，牛场乡更名抵麻乡，新安乡更名兴安乡；11月三都乡改为三都镇。
1985年增设高镇镇，隶属姚哨区，全县辖6个区和一个区级镇，7个区（镇）分辖51个乡（镇），425个村民委员会，2530个村民小组。
1991年8月开展建镇并乡撤区工作，全县58个区（镇）、乡（镇）撤并为和平镇、高镇镇、摆金镇、雅水镇、三都镇、断杉镇、芦山镇、王佑镇、长田乡、大坝乡、甲烈乡、岗度乡、宁旺乡、摆榜乡、斗底乡、鸭绒乡、太阳乡、抵麻乡、毛家苑乡、大龙乡、甲戎乡、抵季乡、羡塘乡、长安乡、打引乡。全县辖428个村，2525个村民小组，11个居（家）委会，110个居民小组。
2001年12月至2002年2月，全县428个行政村合并为201个村。2002年8月，和平镇7个居委会整合为凤山、涟江、蒙江、西山四个社区居委会。
2002年11月，毛家苑乡更名为好花红乡，所辖行政区域不变。
底，全县辖25个乡（镇），201个村，2245个村民小组，4个社区，3个居委会。
，惠水县完成乡镇行政区划调整，全县25个乡镇撤并成8个镇2个办事处，撤销和平镇、高镇镇、三都镇、断杉镇、王佑镇、雅水镇、摆金镇、大龙乡、长田乡、大坝乡、甲烈乡、好花红乡、甲戎乡、抵季乡、羡塘乡、太阳乡、长安乡、打引乡、抵麻乡、鸭绒乡、斗底乡、摆榜乡、岗度乡、宁旺乡等24个乡(镇)建制，新设置好花红镇、断杉镇、羡塘镇、摆金镇、雅水镇、王佑镇、岗度镇、涟江街道办事处、濛江街道办事处；原芦山镇建制保持不变。年末，全县辖8个镇、2个街道办事处，201个行政村，7个居民委员会。
近日，省发展改革委关于省十三届人大二次会议第232号建议的答复中，就人大代表提出的 《关于支持解决贵阳(花溪)—惠水同城化发展的建议》作出答复。答复中表示，省委省政府高度重视贵阳（花溪）—惠水同城化发展，省政府批准的《黔中经济区核心区空间发展战略规划》将惠水县纳入了贵阳都市区范围，《黔中城市群发展规划》明确黔中城市群发展的重点是打造以贵阳中心城区、贵安新区为中心。
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