木瓜根腐病主要为害根颈部及根部，育苗期和刚定植不久的苗较容易感病。特别是地下水位较高或排水沟不良造成积水、土壤黏性重时易感病。植株发病初期在茎基出现水渍状，后变褐腐烂，叶片枯萎，植株枯死，拔起植株可见病株的根变褐坏死。
园内通风透气，透光，降地温湿度，种植地要排水良好，避免积水。
避免连作，也不要与蔬菜地（特别前茬是葫芦科）连作。定植时不要种植太深。
发现病株时要拔除，及时用护树大将军+根施通灌根抑制果树根部病毒传导式感染及叶片和果实，保养植株输导系统健康工作。
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